（一）學術著作（Publications）：

（1）專書與專書論文（Books and Book Chapters）：

1. 黃一農，2024，〈e考據與文史研究的新機遇：以查索詩文用典為例〉，收入《夏伯嘉教授七秩壽誕紀念文集》（上海：上海人民出版社），出版中。
2. 黃一農，2024，《清代避諱研究：e考據的學術實踐》（新竹：國立清華大學出版社），526+xii頁。
3. 黃一農，2022，《紅夷大砲與明清戰爭》（成都：四川人民出版社），573+xxvi頁。
4. 黃一農，2022，《曹雪芹的家族印記》（新竹：國立清華大學出版社），600+xviii頁；簡體修訂版將於2024年由四川人民出版社刊行。
5. 黃一農，2020，《紅樓夢外：曹雪芹《畫冊》與《廢藝齋集稿》新證》（新竹：國立清華大學出版社），465+xvi頁；簡體修訂版於2021年由四川人民出版社刊行，467+xvi頁。
6. 黃一農，2018，《制天命而用：星占、術數與中國古代社會》（成都：四川人民出版社），323+vi頁。
7. 黃一農，2015，《裕瑞《棗窗閒筆》新探》（高雄：國立中山大學出版社）。
8. 黃一農，2014，《二重奏：紅學與清史的對話》（新竹：國立清華大學出版社），586+xiv頁；簡體修訂版於2015年分兩冊由北京中華書局出版。
9. 黃一農，2013，〈明鄭家族與大航海時代的台灣〉，收入復旦大學文史研究院編，《牖啟戶明》（北京：中華書局），頁93-127。
10. 黃一農，2011，〈正史與野史、史實與傳說夾縫中的江陰之變(1645)〉，收入陳永發主編，《明清帝國及其近現代轉型》（臺北：允晨文化公司），頁131-202。
11. Huang, Y.-L., 2011, "The Impact of Astronomy on Chinese Society in the Days before Telescopes," in The Astronomy Revolution: 400 Years of Exploring the Cosmos (Boca Raton, FL: CRC Press/Taylor & Francis Group), D. Y. York, O. Gingerich, and S.-N. Zhang eds., pp. 257-270.
12. 黃一農，2005，《兩頭蛇：明末清初的第一代天主教徒》（新竹：國立清華大學出版社），557頁。繁體修訂再版於2007年發行，2014年出修訂第三版。簡體字版於2006年由上海古籍出版社發行，2008年重印，2015年發行精裝本；最終修訂版將於2024年由四川人民出版社刊行。
13. 黃一農，2004，《社會天文學史十講》（上海：復旦大學出版社），324頁。
14. 黃一農，2002，〈嫁娶宜忌：選擇術中的「亥不行嫁」與「陰陽不將」考辨〉，收入劉增貴編，《法制與禮俗》（臺北：中央研究院歷史語言研究所），頁285-308。
15. 鐘鳴旦、杜鼎克、黃一農、祝平一編，1996，《徐家匯藏書樓明清天主教文獻》（臺北縣：輔仁大學神學院），5冊。
16. 楊翠華、黃一農主編，1991，《近代中國科技史論集》（臺北：中央研究院近代史研究所；新竹：清華大學歷史研究所），390頁。
17. 黃一農，1990，〈湯若望與清初西曆之正統化〉，收入吳嘉麗、葉鴻灑主編，《新編中國科技史》（臺北：銀禾文化事業公司），下冊，頁465-490。

（2）期刊論文（Journal Articles）：

1. 文史部分Literature and History

1. 黃一農，2025，〈明清賦役單位「丁」字考釋〉，投稿中。
2. 黃一農，2025，〈「e文獻學」個案研究：以金代《京兆府學贍學舍地清冊》為例〉，《文獻與數據學報》（北京），審稿中。
3. 黃一農，2025，〈大數據對物質文化史的衝擊：以古建築及賦稅用語「間」為例〉，《嶺南學報》（香港），審稿中。
4. 黃一農、李雪梅，2025，〈金代《京兆府學贍學舍地清冊》釋文校補〉，《古代法律文獻研究》（北京），第20輯，出版中。
5. 黃一農、吳國聖，2024，〈清代對「胡虜夷狄」的文字避忌：以《宗忠簡集》《楊忠愍集》《平叛記》為例〉，《清華學報》（新竹），新54卷，第1期，頁7-59。
6. 黃一農，2023，〈漫談民初遺老對清諱的敬避〉，《中國文化》（北京），第58期，頁250-259。
7. 黃一農，2023，〈查慎行與查嗣庭兄弟所遭逢的兩大案再考〉，《故宮博物院院刊》（北京），2023年第6期，頁63-75。
8. 黃一農，2023，〈對清代端慧皇太子永璉諱例的e考據〉，《數字人文研究》（北京），2023年第1期，頁61-78。
9. 黃一農，2023，〈王錫侯《字貫》案新探〉，《中國文化》（北京），第57期，頁243-260。
10. 黃一農，2022，〈大數據時代避諱學的新機遇：以清初為例〉，《數字人文》（北京），2022年第4期，頁1-35。
11. 黃一農，2022，〈滿清第一詞人納蘭成德曾否改漢名為性德〉，《中國文化》（北京），第56期，頁234-245。
12. 黃一農、吳國聖，2021，〈曹寅次婿即青海親王羅卜藏丹津考釋〉，《中國文化》（北京），第54期，頁209-228。
13. 黃一農，2020，〈「e考據」卮言：從曹雪芹叔祖曹荃的生辰談起〉，《清華學報》（新竹），新50卷，第4期，頁555-586。
14. 黃一農，2020，〈試論曹雪芹在《紅樓夢》中譏刺仇讎的隱性手法〉，《中國文化》（北京），第52期，頁72-90。
15. 黃一農，2020，〈曹寅在京宦歷新考〉，《明清小說研究》（南京），第2期，頁232-249。
16. 黃一農、王偉波，2019，〈李煦幼子李以鼐小考〉，《文與哲》（高雄），第35期，頁1-18。
17. 黃一農，2019，〈《曹雪芹書畫真跡》自序〉，《中國文化》（北京），第50期，頁357-358。
18. 黃一農、高樹偉，2019，〈史實與故事之間：〈懋齋記盛的故事〉所涉兩幅古畫辨正〉，《曹雪芹研究》（北京），第3期，頁10-28。
19. 黃一農，2019，〈從e考據看避諱學的新機遇：以己卯本《石頭記》為例〉，《文史》（北京），2019年第2輯，頁205-222。
20. 黃一農，2019，〈曹雪芹《廢藝齋集稿》的證真〉，《中國文化》（北京），第49期，頁1-21。
21. Huang, Yi-Long & Zheng, Bingyu, 2018, “New Frontiers of Electronic Textual Research in the Humanities: Investigating Classical Allusions in Chinese Poetry through Digital Methods,” Journal of Chinese Literature and Culture, vol. 5, issue 2, pp. 411-437. 黃一農，2024，〈e考據與文史研究的新機遇：以查索詩文用典為例〉，收入《夏伯嘉院士七秩紀念文集》（北京），出版中。
22. 黃一農，2018，〈從皇商薛家看《紅樓夢》中的物質文化〉，《中國文化》（北京），第48期，頁1-11。
23. 黃一農，2018，〈索隱文學與《紅樓夢》中之礙語〉，《中國文化》（北京），第48期，頁90-103。
24. 黃一農，2018，〈《種芹人曹霑畫冊》考實〉，《長江學術》（武漢），第1期，頁85-99。
25. 黃一農，2018，〈《紅樓夢》中最珍貴的藥方「暖香丸」新探〉，《中國科技史雜誌》（北京），第1期，頁1-10。
26. 黃一農，2017，〈再論《棗窗閒筆》之真偽〉，《紅樓夢學刊》（北京），第5輯，頁88-105。
27. 黃一農，2017，〈再論「閔大章即閔煥元」之說〉，《曹雪芹研究》（北京），第3期，頁152-163。
28. 黃一農，2017，〈《紅樓夢》中的戥子與計量單位「星」〉，《自然科學史研究》（北京），第2期，頁231-243。
29. 黃一農，2017，〈甲戌本《石頭記》中「甲午八日」脂批新考〉，《湖北大學學報（哲社版）》（武漢），第1期，頁81-89。亦以〈試探e考據對漢學研究的衝擊：從「甲午八日」脂批談起〉為名收入王文章編，《漢學的世界：國際漢學研究論文集》（北京：三聯書店，2019），頁33-46。
30. 黃一農，〈《種芹人曹霑畫册》再考〉，《文匯報•文匯學人》（上海），第264期，2016年10月21日，第14-15版。
31. 黃一農，〈曹雪芹唯一存世的畫冊再現〉，《文匯報•文匯學人》（上海），第259期，2016年9月2日，第2-4版。
32. 黃一農，2016，〈「溫都里納」、「汪恰洋煙」與「依弗哪」新考〉，《曹雪芹研究》（北京），第4期，頁33-46。
33. 黃一農、任曉輝，2016，〈從服飾敘述試探《紅樓夢》的版本問題〉，《紅樓夢研究輯刊》（上海），第12輯，頁138-168。
34. 黃一農，2016，〈咸安宮官學、右翼宗學與曹雪芹〉，《紅樓夢研究輯刊》（上海），第12輯，頁1-26。
35. 黃一農，2016，〈曹雪芹祖籍新探：生命足跡與自我認同〉，《中國文化》（北京），第43期，頁131-143。
36. 黃一農，2016，〈曹雪芹卒於「壬午除夕」新考〉，《紅樓夢學刊》（北京），第1輯，頁77-103。
37. 黃一農，2015，〈曹雪芹卒後與其關涉之乾隆朝詩文〉，《長江學術》（武漢），第4期，頁18-39。
38. 黃一農，2015，〈傳曹雪芹家族現存六軸誥命辨偽〉，《古代文獻整理與研究》（西安），第1輯，頁12-27。
39. 黃一農，2015，〈曹雪芹現存詩畫考論〉，《紅樓夢研究輯刊》（上海），第11輯，頁12-55。
40. 黃一農，2015，〈敦敏及敦誠詩集編年考〉，《曹雪芹研究》（北京），第4期，頁21-42。
41. 黃一農，2015，〈曹雪芹「蒜市口地方房十七間半」舊宅新探〉，《紅樓夢研究輯刊》（上海），第10輯，頁42-63。
42. 黃一農、蕭永龍，2014，〈論道光帝廟諱與古書中「寧」字的寫法〉，《文與哲》（高雄），第25期，頁1-19。
43. 黃一農，2014，〈江南三織造所梭織出的曹家姻親網絡〉，《曹雪芹研究》（北京），第3期，頁10-25。
44. 黃一農，2014，〈裕瑞《棗窗閒筆》新探〉，《文與哲》（高雄），第24期，頁1-23。
45. 盧正恒、黃一農，2014，〈先清時期國號新考〉，《文史哲》（濟南），第1期，頁1-9。
46. 黃一農，2014，〈宜泉先生及其所撰《春柳堂詩稿》新考〉，《曹雪芹研究》（北京），第1期，頁63-73。
47. 黃一農，2013，〈《紅樓夢》中「借省親事寫南巡」新考〉，《中國文化研究》（北京），第4期，頁20-29。
48. 黃一農，2013，〈析探《春柳堂詩稿》作者宜泉之交遊網絡〉，《紅樓夢學刊》（北京），第6輯，頁122-151。亦收入張慶善、張雲編，《紀念偉大作家曹雪芹逝世二百五十週年文集》（北京：文化藝術出版社，2014），頁183-200。
49. 黃一農，2013，〈試探曹雪芹在乾隆朝書畫界的人際網絡〉，《國立臺灣大學美術史研究集刊》（臺北），第35期，頁49-86。
50. 楊勇軍、黃一農，2013，〈《紅樓夢》與納蘭諸姊妹之生平事跡〉，《中華文史論叢》（上海），第3期，頁341-362。
51. 黃一農，2013，〈袁枚《隨園詩話》編刻與版本考〉，《臺大文史哲學報》（臺北），第79期，頁35-82。
52. 黃一農，2013，〈袁枚《隨園詩話》中涉紅記事新考〉，《清華學報》（新竹），新43卷，第3期，頁525-553。
53. 黃一農，2013，〈清代傳禁《紅樓夢》之人脈網絡：從趙烈文日記談起〉，《紅樓夢學刊》（北京），第4輯，頁14-36。
54. 黃一農，2013，〈曹寅家族與滿洲世族的姻親關係〉，《紅樓夢研究輯刊》（上海），第6輯，頁119-132。
55. 黃一農，2013，〈史實與傳說的分際：福康安與乾隆帝關係揭祕〉，《漢學研究》（臺北），第31卷，第1期，頁123-160。
56. 張瑞龍、黃一農，2013，〈天理教起義與閏八月不祥之說析探〉，《歷史研究》（北京），第1期，頁84-99。
57. 黃一農，2013，〈嘉慶癸酉之變與曹雪芹家族〉，《紅樓夢學刊》（北京），第1輯，頁22-42。
58. 釋堅融、羅盛吉、黃一農，2013，〈清初詞學大家成德名諱新考〉，《文史》（北京），第1輯，頁63-74。
59. 薛戈、黃一農，2012，〈《紅樓夢》中「元妃省親」原型考〉，《曹雪芹研究》（北京），第2輯，頁137-143。
60. 黃一農，2012，〈從納蘭氏四姊妹的婚姻析探《紅樓夢》的本事〉，《清史研究》（北京），第4期，頁1-14。
61. 黃一農，2012，〈曹寅乃顧景星之遠房從甥考〉，《文學遺產》（北京），第6期，頁122-131。
62. Volkov, Alexei & Huang, Yi-Long, “Book Review on Nathan Sivin’s Granting the Seasons: The Chinese Astronomical Reform of 1280, with a Study of Its Many Dimensions and an Annotated Translation of Its Records,” ISIS, 103:1 (2012), p. 173.
63. 黃一農，2012，〈《紅樓夢》早期讀者間之親屬關係辨誤〉，《紅樓夢學刊》（北京），第3輯，頁97-117。
64. 黃一農、黃書梅，2012，〈曹寅好友張純修家世生平考〉，《故宮學術季刊》（臺北），第29卷，第3期，頁1-30。
65. 黃一農，2012，〈曹雪芹高祖曹振彥旗籍新考：從新發現的滿文材料談起〉，《文史哲》（濟南），第1期，頁55-63。
66. 黃一農，2012，〈吳橋兵變：明清鼎革的一條重要導火線〉，《清華學報》（新竹），新42卷，第1期(2012)，頁79-134。
67. 黃一農，2011，〈豐潤曹邦入旗考〉，《中華文史論叢》（上海），第4期，頁255-279。
68. 黃一農，2011，〈曹孝慶家族在江西遷徙過程新考〉，《清華學報》（新竹），新41卷，第4期，頁715-758。
69. 黃一農，2011，〈重探曹學視野中的豐潤曹氏〉，《紅樓夢學刊》（北京），第3輯，頁27-57。
70. 黃一農，2011，〈e-考據時代的新曹學研究：以曹振彥生平為例〉，《中國社會科學》（北京），第2期，頁189-207。亦收入《《中國社會科學》創刊三十五週年論文選(1980-2014)》（北京：中國社會科學出版社，2017），卷3，頁1946-1973。
71. 黃一農，2011，〈明清獨特複合金屬砲的興衰〉，《清華學報》（新竹），新41卷，第1期，頁73-136。
72. 黃一農，2010，〈明清之際紅夷大砲在東南沿海的流布及其影響〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》（臺北），第81本，第4分，頁769-832。
73. 游博清、黃一農，2010，〈天朝與遠人：小斯當東與中英關係(1793-1840)〉，《中央研究院近代史研究所集刊》（臺北），第69期，頁1-40。
74. 董少新、黃一農，2009，〈崇禎年間招募葡兵新考〉，《歷史研究》（北京），第5期，頁65-86。
75. 黃一農，2008，〈明末至澳門募葡兵的姜雲龍小考：兼答熊熊先生對「e-考據」的批評〉，《中央研究院近代史研究所集刊》（臺北），第62期，頁141-166。
76. 黃一農，2008，〈明末薩爾滸之役的潰敗與西洋火砲的引進〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》（臺北），第79本，第3分，頁377-413。
77. 黃一農，2008，〈奎章閣明清軍事史重要文獻過眼錄〉，《奎章閣》（首爾），第33集，頁235-239。
78. 黃一農，2007，〈印象與真相：清朝中英兩國覲禮之爭新探〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》（臺北），第78本，第1分，頁35-106。
79. 黃一農，2006，〈中國民歌〈茉莉花〉的西傳與東歸〉，《文與哲》（高雄），第9期，頁1-16。
80. 黃一農，2005，〈張家山漢墓竹簡《奏讞書》紀日干支小考〉，《考古》（北京），第10期，頁73-75。
81. 黃一農，2004，〈歐洲沉船與明末傳華的西洋大砲〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》（臺北），第75本，第3分，頁573-634。
82. 黃一農，2004，〈崇禎朝「吳橋兵變」原始文獻析探〉，《漢學研究》（臺北），第22卷，第2期，頁361-385。
83. 黃一農，2004，〈紅夷大砲與皇太極創立的八旗漢軍〉，《歷史研究》（北京），第4期，頁74-105。
84. 黃一農，2004，〈從韓霖《鐸書》試探明末天主教在山西的發展〉，《清華學報》（新竹），新34卷，第1期，頁67-102；亦收入李熾昌主編，《文本實踐與身份辨識：中國基督徒知識分子的中文著述，1583-1949》（上海：上海古籍出版社，2005），頁56-98。
85. 黃一農，2003，〈中國科技史研究的新挑戰〉，《新史學》（臺北），第14卷，第4期，頁157-176。
86. 黃一農，2003，〈南明永曆朝廷與天主教〉，《中梵外交關係史國際學術研討會論文集》（臺北：輔仁大學歷史學系），頁79-118；亦收入饒宗頤主編，《華學（第六輯）》（北京：紫禁城出版社），頁230-254。
87. 黃一農，2003，〈龍與獅對望的世界：以馬戛爾尼使團訪華後的出版物為例〉，《故宮學術季刊》（臺北），第21卷，第2期，頁265-297。
88. 黃一農，2002，〈劉興治兄弟與明季東江海上防線的崩潰〉，《漢學研究》（臺北），第20卷，第1期，頁131-161。
89. 黃一農，2002，〈江陵張家山出土漢初曆譜考〉，《考古》（北京），第1期，頁64-67。亦收入《複印報刊資料：先秦、秦漢史》，第3期，頁55-58。
90. 黃一農，2002，〈火器〉，收入《法國漢學（第六輯）》（北京：中華書局），頁362-376。
91. 黃一農，2002，〈周家台30號秦墓曆譜新探〉，《文物》（北京），第10期，頁84-87。
92. 黃一農，2001，〈秦王政時期曆法新考〉，收入饒宗頤主編，《華學（第五輯）》（北京：紫禁城出版社），頁143-149。
93. 黃一農，2001，〈漢初百年朔閏析究：兼訂《史記》和《漢書》紀日干支訛誤〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》（臺北），第72本，第4分，頁753-800。
94. Huang, Y.-L., 2001, "Le Ventotto case Lunari (The Twenty-Eight Lunar Mansions)," in Storia della scienza (Rome: Istituto della Enciclopedia Italiana), vol. 2, p. 164.
95. Huang, Y.-L., 2001, "Astronomia e astrologia (Astronomy and Astrology)," in Storia della scienza (Rome: Istituto della Enciclopedia Italiana), vol. 2, pp. 167-170.
96. Huang, Y.-L., 2001, "I Periodi Solari Quindicinali Detti Qi (Solar Calendar in Ancient China)," in Storia della scienza (Rome: Istituto della Enciclopedia Italiana), vol. 2, p. 171.
97. 黃一農，2001，〈秦漢之際（前220~前202年）朔閏考〉，《文物》（北京），第5期，頁59-64。亦收入《複印報刊資料：先秦、秦漢史》，第5期，頁75-80。
98. Huang, Y.-L., 2001, "Sun Yuanhua: A Christian Convert Who Put Xu Guangqi's Military Reform Policy into Practice," in Statecraft and Intellectual Renewal in Late Ming China. The Cross-cultural Synthesis of Xu Guangqi (1562-1633), ed. Catherine Jami et al. (Leiden: Brill), pp. 225-259.
99. 黃一農，2000，〈明末韓霖《鐸書》闕名前序小考：兼論歷史考據與人際網絡〉，《文化雜誌》（澳門），第40-41期，頁115-126。
100. Young, S. C., Huang, Y.-L., and Jang, J. S., 2000, "Pioneering a Web-based Science Museum in Taiwan: Design and Implementation of Life-long Distant Learning of Science Education," Educational Technology Research and Development, 48 (1), pp. 112-123.
101. 姜志翰、黃一農，1999，〈星占對中國古代戰爭的影響：以北魏後秦之柴壁戰役為例〉，《自然科學史研究》（北京），第18卷，第4期，頁307-316。
102. 黃一農，1999，〈從尹灣漢墓簡牘看中國社會的擇日傳統〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》（臺北），第70本，第3分，頁589-626。
103. 楊叔卿、黃一農，1998，〈網際網路虛擬科學館之設計與運作〉，《遠距教育季刊》（臺北），第9期，頁20-23。
104. 黃嘉琳、楊叔卿、吳聲葆、周維強、黃一農，1998，〈落實網路遠距終身學習之理念：「清蔚園網際虛擬博物館」在台灣之研發現況〉，《教學科技與媒體》（臺北），第41期，頁2-8。
105. 黃一農，1997，〈忠孝牌坊與十字架：明末天主教徒魏學濂其人其事探微〉，《新史學》（臺北），第8卷，第3期，頁43-94。
106. 黃一農，1996，〈從湯若望所編民曆試析清初中歐文化的衝突與妥協〉，《清華學報》（新竹），新26卷，第2期，頁189-220。
107. 黃一農，1996，〈紅夷大砲與明清戰爭：以火砲測準技術之演變為例〉，《清華學報》（新竹），新26卷，第1期，頁31-70。
108. 黃一農，1996，〈比例規在火砲學上的應用〉，《科學史通訊》（臺北），第15期，頁4-11。
109. 黃一農，1996，〈天主教徒孫元化與明末傳華的西洋火砲〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》（臺北），第67本，第4分，頁911-966。
110. 黃一農，1996，〈明清天主教在山西絳州的發展及其反彈〉，《中央研究院近代史研究所集刊》（臺北），第26期，頁1-39。
111. 黃一農，1996，〈明末清初天主教的「帝天說」及其所引發的論爭〉，《故宮學術季刊》（臺北），第14卷，第2期，頁43-75。
112. 黃一農，1996，〈明末清初天主教傳華史研究的回顧與展望〉，《新史學》，第7卷，第1期，頁137-169。亦收入任繼愈主編，《國際漢學》，第4輯（鄭州：大象出版社，1999），頁448-476。
113. 黃一農，1996，〈天主教徒韓霖投降李自成考辨〉，《大陸雜誌》（臺北），第93卷，第3期，頁37-42。
114. 黃一農，1996，〈通書：中國傳統天文與社會的交融〉，《漢學研究》（臺北），第14卷，第2期，頁159-186。
115. Huang, Y.-L., and Chang C.-C., 1996, "The Evolution and Decline of the Ancient Chinese Practice of Watching for the Ethers," Chinese Science (U. S. A.), no. 13, pp. 82-106.
116. 黃一農，1995，〈被忽略的聲音：介紹中國天主教徒對「禮儀問題」態度的文獻〉，《清華學報》（新竹），新25卷，第2期，頁137-160。
117. 黃一農，1994，〈從〈始信錄序〉析究楊光先的性格〉，Sino-Western Cultural Relations Journal (U. S. A.), no. 16, pp. 1-18。
118. 黃一農，1994，〈王鐸書贈湯若望詩翰研究：兼論清初貳臣與耶穌會士的交往〉，《故宮學術季刊》（臺北），第12卷，第1期，頁1-30。
119. Chin, Y.-N., and Huang, Y.-L., 1994, "Identification of the Guest Star of AD 185 as Comet Rather Than a Supernova," Nature (U. K.), vol. 371, pp. 398-399.
120. 黃一農，1994，〈瞿汝夔（太素）家世與生平考〉，《大陸雜誌》（臺北），第89卷，第5期，頁8-10。
121. 黃一農，1994，〈邵輔忠《天學說》小考〉，《國立中央圖書館館刊》（臺北），新27卷，第2期，頁163-166。
122. 黃一農，1994，〈揚教心態與天主教傳華史研究：以南明重臣屢被錯認為教徒為例〉，《清華學報》（新竹），新24卷，第3期，頁269-295。
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124. 黃一農，1993，〈清初天主教與回教天文家間的爭鬥〉，《九州學刊》（美國），第5卷，第3期，頁47-69。
125. 黃一農、張志誠，1993，〈中國傳統候氣說的演進與衰頹〉，《清華學報》（新竹），新23卷，第2期，頁125-147。Huang, Y.-L., and Chang C.-C., 1996, "The Evolution and Decline of the Ancient Chinese Practice of Watching for the Ethers," Chinese Science (U. S. A.), no. 13, pp. 82-106.
126. 黃一農，1993，〈康熙朝漢人士大夫對「曆獄」的態度及其所衍生的傳說〉，《漢學研究》（臺北），第11卷，第2期，頁137-161。
127. 黃一農，1993，〈新發現的楊光先《不得已》一書康熙間刻本〉，《書目季刊》（臺北），第27卷，第2期，頁3-13。
128. 黃一農，1993，〈清前期對「四餘」定義及存廢的爭執：社會天文學史個案研究〉，《自然科學史研究》（北京），第12卷，第3期，頁201-210及第12卷，第4期，頁344-354。
129. 黃一農，1992，〈敦煌本具注曆日新探〉，《新史學》（臺北），第3卷，第4期，頁1-56。
130. 黃一農，1992，〈極星與古度考〉，《清華學報》（新竹），新22卷，第2期，頁93-117。
131. 黃一農，1992，〈中國史曆表朔閏訂正舉隅：以唐《麟德曆》行用時期為例〉，《漢學研究》（臺北），第10卷，第2期，頁305-332。
132. 黃一農，1992，〈吳明炫與吳明烜：清初與西法相抗爭的一對回回天文家兄弟？〉，《大陸雜誌》（臺北），第84卷，第4期，頁1-5。
133. 黃一農，1992，〈湯若望《新曆曉或》與《民曆鋪註解惑》二書略記〉，《國立中央圖書館館刊》（臺北），新25卷，第1期，頁151-157。
134. 黃一農，1991，〈星占、事應與偽造天象：以「熒惑守心」為例〉，《自然科學史研究》（北京），第10卷，第2期，頁120-132。
135. 黃一農著，伊東貴之譯，1991，〈擇日之爭と「康熙曆獄」〉，《中國──社會と文化》（日本），第6號，頁174-203；黃一農，1991，〈擇日之爭與康熙曆獄〉，《清華學報》（新竹），新21卷，第2期，頁247-280；Huang, Y.-L., "Court Divination and Christianity in the K'ang-Hsi Era," translated by Nathan Sivin, Chinese Science (U. S. A.), vol. 10 (1991), pp. 1-20.
136. 黃一農，1991，〈楊燝南：最後一位疏告西方天文學的保守知識份子〉，《漢學研究》（臺北），第9卷，第1期，頁229-245。
137. 黃一農，1991，〈康熙朝涉及「曆獄」的天主教中文著述考〉，《書目季刊》（臺北），第25卷，第1期，頁12-27。
138. 黃一農，1991，〈清初欽天監中各民族天文家的權力起伏〉，《新史學》（臺北），第2卷，第2期，頁75-108。
139. 黃一農，1991，〈耶穌會士對中國傳統星占術數的態度〉，《九州學刊》（美國），第4卷，第3期，頁5-23。Huang, Y.-L., 1993, "L'attitude des missionnaires Jesuites face l'astrologie et la divination chinoises," in L'Europe en Chine, interactions scientifiques, religieuses et culturelles aux XVIIe et XVIIIe siecles, ed. Catherine Jami & Hubert Delahaye (Paris: College de France), pp. 87-108.
140. Huang, Y.-L. 1990, "A Study on Five Planet Conjunctions in Chinese History," translated in English by Edward L. Shaughnessy, Early China (U. S. A.), 15, pp. 97-112.
141. 黃一農，1990，〈楊光先著述論略〉，《書目季刊》（臺北），第23卷，第4期，頁3-21。
142. 張嘉鳳、黃一農，1990，〈天文對中國古代政治的影響：以漢相翟方進自殺為例〉，《清華學報》（新竹），新20卷，第2期，頁361-378。
143. 黃一農，1990，〈楊光先家世與生平考〉，《國立編譯館館刊》（臺北），第19卷，第2期，頁15-28。
144. 黃一農，1989，〈中平客星新釋〉，《漢學研究》（臺北），第7卷，第1期，頁283-305。黃一農著，渡邊美和譯，1995，〈中平客星新釋〉，《天界》（日本），第847號，頁254-257、283-292、316-319、339-344。
145. 黃一農，1989，〈蘇州石刻天文圖新探〉，《清華學報》（新竹），新19卷，第1期，頁115-131。此文亦收入宋史座談會主編，《宋史研究集》，第21輯（臺北：國立編譯館，1991），頁293-316。
146. 黃一農，1989，〈中國古代窺管考〉，《科學史通訊》（臺北），第8期，頁28-37。
147. 黃一農，1988，〈歷史上最密集的客星發現：西元1592年的四顆客星〉，《天文會刊》（臺北），第1卷，第2期，頁3-14。此文亦收入吳嘉麗、葉鴻灑主編，《新編中國科技史》，下冊（臺北：銀禾文化事業公司，1990），頁443-464。
148. Huang, Y.-L. and Moriarty-Schieven, G. H. 1987, "A Revisit of the Guest Star in A.D. 185," Science (U. S. A.), 235, pp. 59-60.
149. 黃一農，1987，〈漢昭帝元鳳五年燭星：歷史上最亮的一顆新星？〉，《科學史通訊》（臺北），第6期，頁34-39。Huang, Y.-L. 1987, "The Chinese Candle Star of 76 BC," The Observatory (Canada), 107, pp. 213-217.

2. 天文科學部分Astronomy

1. Young, J.-S., and Huang, Y.-L. etc., 1995, "The FCRAO Extragalactic CO Survey. I. The Data," Astrophys. J. Supplement, 98, pp. 219-257.
2. Dickman, R. L., Snell, R. L., Ziurys, L., and Huang, Y.-L., 1992, "Structure and Kinematics of Dense Gas Associated with the Supernova Remnant IC 443," Astrophys. J., 400, pp. 203-213.
3. Snell, R. L., Dickman, R. L., and Huang, Y.-L., 1990, "Molecular Outflows Associated with a Flux-limited Sample of Bright Far-Infrared Sources," Astrophys. J., 352, pp. 139-148.
4. Snell, R. L., Huang, Y.-L., Dickman, R. L., and Claussen M. J., 1988, "An Unbiased Survey of Molecular Outflows Associated with Bright Far-Infrared Sources," in Interstellar Matter, eds J. Moran and P. Ho (New York: Gordon and Breach), pp. 211-212.
5. Schwartz, P. R., Gee, G., and Huang, Y.-L., 1988, "CO Pedestal Features from IRAS Sources in Dark Clouds," Astrophys. J., 327, pp. 350-355.
6. Snell, R. L., Huang, Y.-L., Dickman, R. L., and Claussen M. J., 1988, "Molecular Outflows Associated with Bright Far-Infrared Sources," Astrophys. J., 325, pp. 853-863.
7. Young, J.-S., Kenny, J. D., Tacconi, L., Claussen, M. J., Huang, Y.-L., Tacconi-Garman, L., Xie, S., and Schloerb, F. P., 1986, "The Molecular Content of Interacting and Isolated Galaxies: the Effect of Environment on the Efficiency of Star Formation," Astrophys. J. (Letters), 311, pp. L17-L21.
8. Huang, Y.-L., 1987, "On the Local Environment of Extragalactic Supernovae," Pacific Astro. Soc. Publ., 99, pp. 461-466.
9. Huang, Y.-L., and Thaddeus, P., 1986, "Molecular Clouds and Supernova Remnants in the Outer Galaxy," Astrophys. J., 309, pp. 804-821.
10. Huang, Y.-L., Dickman, R. L., and Snell, R. L., 1986, "IRAS Sources Associated with Shocked-Gas Regions in IC 443," Astrophys. J. (Letters), 302, pp. L63-L66.
11. Huang, Y.-L., and Thaddeus, P., 1985, "The Ʃ-D Relation for Shell-like Supernova Remnants," Astrophys. J. (Letters), 295, pp. L13-L16.
12. Huang, Y.-L., 1985, "Molecular Clouds and Supernova Remnants," Ph. D. thesis, Columbia University, pp. 1-191.
13. Lebrun, F., and Huang, Y.-L., 1984, "Nearby Molecular Clouds: Ophiuchus-Sagittarius, b>10∘," Astrophys. J., 281, pp. 634-638.
14. Huang, Y.-L., Dame, T. M., and Thaddeus, P., 1983, "Large Molecular Cloud toward the Supernova Remnant W50 and SS 433," Astrophys. J., 272, pp. 609-614.

（二） 學術奬勵（Academic Awards）

1. 1992 國科會傑出研究獎 Outstanding Research, National Science Council, Taiwan.
2. 1993 荷蘭萊頓大學胡適漢學訪問講座教授 Dr. HU Shih Visiting Chair for Chinese Studies, Leiden Univ., Netherlands.
3. 1996-2006 李遠哲傑出人才講座教授 LEE Yuan-Tseh (Nobel laureate in chemistry) Chair for Distinguished Research, Taiwan.
4. 1998 教育部學術獎 Lifetime Academic Achievement, Ministry of Education, Taiwan.
5. 2006 教育部終生榮譽國家講座 Honorary lifetime National Chair Professor, Ministry of Education, Taiwan.
6. 2006 中央研究院院士 Academian, Academia Sinica, Taiwan.